Einführung in die Bioinformatik Vorbereiten der Software Grundlagen der objektorientierten Programmierung Einfaches Codebeispiel – manipulieren eines strings Referenzieren einzelner Zeichen in einem string Generieren einer zufälligen Aminosäure-Sequenz Scoring von Alignments Prüfen auf Identität Bewerten von Mutationen – Substitution Matrix Bewerten eines Alignments Der Needleman-Wunsch-Algorithmus Die F-Matrix (abstrakt) Auswählen des Alignments (abstrakt) F-Matrix (Code) Auswählen des Alignments (Code) — coming soon Prüfen auf Identität Die einfachste Art, zwei Sequenzen miteinander zu vergleichen ist, zu prüfen, ob sie identisch sind. Dazu müssen jeweils die 0. Position der ersten Sequenz mit der 0. Position der zweiten, die 1. der ersten mit der 1. der zweiten und so weiter vergleichen werden: Der folgende Code macht genau das gleiche, verwendet dabei jedoch statt einer for-Schleife eine while-Schleife: Das Ergebnis einer solchen Prüfung kann offensichtlich nur zwei Werte annehmen: true oder false. Sowohl Mutationen, als auch Rasterverschiebungen führen bei dieser Methode zu einem ‘false‘: APFELSAFT APPELSAFT…